Hàng năm Bộ Giao thông Vận tải được nhà nước giao khối lượng vốn rất lớn thực hiện đầu tư xây dựng hạ tầng giao thông, duy trì hoạt động hệ thống hạ tầng giao thông…Với đặc thù như vậy, nhiều lĩnh vực do Bộ Giao thông Vận tải quản lý tiềm ẩn nguy cơ tiêu cực, lãng phí, tham nhũng như quản lý đầu tư xây dựng các công trình giao thông vận tải, quản lý các trạm thu phí, trạm kiểm tra trọng tải, đăng kiểm phương tiện, đào tạo, sát hạch cấp giấy phép lái xe…

       Trong thời gian từ 2006-2011 tại các cơ quan đơn vị trực thuộc Bộ đã có 11 vụ với 44 người bị khởi tố về tội tham nhũng, trong đó điểm hình là vụ PMU18. Tài sản bị tham nhũng, gây thiệt hại đã phát hiện được là 3.945 triệu đồng (tài sản, ngoại tệ quy ra tiền), tài sản do tham nhũng đã được thu hồi, bồi thường là 2.318 triệu đồng và tài sản do tham nhũng không thể thu hồi khắc phục được là 1.627 triệu đồng.

        Trước thực tế trên, Bộ Giao thông Vận tải đã đề ra phương hướng, nhiệm vụ và một số giải pháp nhằm phòng ngừa tham nhũng trong thời gian tới. Trong đó, nhiệm vụ hàng đầu được đặt ra là phối hợp chặt chẽ giữa các tổ chức Đảng, chính quyền, công đoàn, đoàn thanh niên trong công tác lãnh đạo, chỉ đạo và triển khai công tác phòng chống tham nhũng. Tiếp tục thực hiện tốt việc tuyên truyền, phổ biến pháp luật về phòng chống tham nhũng gắn với thực hiện Cuộc vận động “ Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh” để nâng cao một bước về nhận thức, hành động của cán bộ, công chức, đặc biệt là những người làm các vị trí dễ có khả năng tham nhũng; rà soát xây dựng thể chế, đẩy mạnh việc công khai minh bạch trong hoạt động, đổi mới công nghệ quản lý, cải cách thủ tục hành chính. Thực hiện tốt công tác thanh tra, kiểm tra đối với các lĩnh vực dễ xảy ra tham nhũng, đặc biệt ưu tiên việc kiểm tra xác minh tố cáo tham nhũng theo quy định của pháp luật; nâng cao trách nhiệm của thủ trưởng các cơ quan, đơn vị trong công tác phòng chống tham nhũng.